"""
Coverage module example
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#
from sequana import SequanaCoverage, sequana_data

bedfile = sequana_data("JB409847.bed")
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# Reading input BED file
gc = SequanaCoverage(bedfile)


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# Select a chromosome (first and only one in that example)
chrom = gc[0]
print(chrom)

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# Compute running median and zscore telling the algorithm
# that the chromosome is circular.
chrom.running_median(n=5001, circular=True)
chrom.compute_zscore()
print(chrom.get_centralness())

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# Plotting
chrom.plot_coverage()